Dinámica de la microbiota bacteriana bajo efecto del cultivo iniciador de fermentación de café (Coffea arabica) en la región Amazonas

Abstract

El café (Coffea arabica) es un producto agrícola de alto interés comercial y productivo en la región Amazonas, sin embargo, cuenta con limitadas estrategias de procesamiento, que condiciona la calidad del producto. En este sentido, en esta investigación se aplicó cultivos iniciadores con diferentes combinaciones bacterianas (Stenotrophomonas maltophilia, Stenotrophomonas pavanii y Lysinibacillus xylanilyticus) en la fermentación del café durante 14 y 36 horas, evaluando su efecto en la dinámica, diversidad, coocurrencias y funciones del microbiota mediante metabarcoding 16S, utilizando tecnologías de secuenciamiento Illumina y Nanopore. Se identificaron taxonómicamente 25 filos, 44 clases, 98 órdenes, 164 familias, 395 géneros y 2108 especies; donde predominaron Leuconostoc pseudomesenteroides y Stenotrophomonas maltophilia durante toda la fermentación. Las relaciones bacterianas mostraron una integración positiva del cultivo iniciador especialmente por S. maltophilia en el microbiota con cambios en las abundancias durante el tiempo. Esto indicaría un fuerte impacto del tiempo de la fermentación del café en la dinámica bacteriana. La diversidad microbiana en los índices alfa mostró diferencias entre la fermentación espontánea y la fermentación inoculada, siendo esta última más controlada; y el índice beta indicó la formación de comunidades diferenciadas por el tiempo. También se identificaron 95 vías funcionales, relacionadas a funciones que motivarían la formación de compuestos aromáticos responsables el sabor y aroma en café en la región Amazonas. Este estudio es una de las primeras investigaciones con el uso de cultivos iniciadores bacterianos en la fermentación del café en la región Amazonas, cuya relevancia permitirá integrar un mayor valor al procesamiento cafetero de la región.